Erityisopetuksen kehitys on Kuopiossa noudattanut pitkälti valtakunnallisia linjoja. Erityisopetusta toteutetaan pääosin Alavan sairaalakoulussa ja yleisopetuksen koulujen yhteyteen integroiduissa erityisluokissa.
Keskitettyä erityisopetusta on toteutettu Kuopiossa lähinnä neljässä koulussa:
Kouluissa on kokeiltu erilaisia erityisluokan toimintamalleja, mm. Luotsi Pirtissä. Lisäksi eteläisellä alueella toimivat koko kaupunkia palvelevat Tekevä- ja Silta-omauraluokat.
Laaja-alaisia erityisopettajia on 29, ja heidän oppilasmääränsä on noin 1000. Koulupsykologi- ja kuraattoripalvelut on keskitetty oppilashuoltoyksikköön, joka vastaa sekä peruskoulujen että lukioiden oppilaista.